Настройте няколко „групи за свързване“ за всеки сървър във вашия конфигурационен файл database.php, след което в модела:
$DB1 = $this->load->database('group_one', TRUE);
$DB2 = $this->load->database('group_two', TRUE);
//read from DB1
$DB1->query();
//write to DB2
$DB2->insert();
Вижте примери в:Свързване към множество бази данни