Попаднах на тази грешка и тя се дължи на отказ на SELinux. /usr/bin/httpd нямаше разрешение да се свърже с порт 3306. Коригирах проблема с:
setsebool httpd_can_network_connect_db on
Изглежда, че работи чудесно и трябва да е по-сигурно, отколкото просто да деактивирате SELinux. Както Avinash Meetoo посочва по-долу, можете да използвате:
setsebool -P httpd_can_network_connect_db
За да накарате промяната в selinux да се запази при рестартиране.