вашият манипулатор на щракване за изтриване на ред трябва да е така, трябва да присвоите манипулатор на събития отново на новодобавени редове,
function delete_row(){
let li = $(this);
let id = li.attr("id");
$.post("list.php", {id: id}, function(data){
$("#todo-list").html(data);
//assigne the event handle again
$("#todo").on("click", "li",delete_row)
});
}
$(function() {
$.get("list.php", function(data){
$("#todo-list").html(data);
$("#todo").on("click", "li",delete_row)
});
});