mysql-сървър (на каквато и да е версия) зависи от други пакети ( във вашия случай mysql-community-libs mysql-community-server)
Когато се инсталира на първо място със старата версия, тези неща се инсталират. Когато "деинсталирате" mysql-сървър, тези зависимости НЕ се премахват.
Когато се опитате да инсталирате новата версия, тези все още съществуващи пакети ще са в конфликт с новия пакет. Няма значение дали действителните файлове в пакета са там, конфликтът е пакетът и списъкът с това какво да очаквате.
За да разрешите проблема си, разберете какви са зависимостите на mysql-сървъра и ги деинсталирайте, преди да опитате да инсталирате.
Този отговор https ://superuser.com/questions/294662/how-to-get-list-of-dependencies-of-non-installed-rpm-package може да представлява интерес за определяне на това от какво зависи mysql-сървър
