как автоматично да вмъквам препратки към външни ключове в таблици в mysql или JDBC?

Получавате този идентификатор на вашата колона auto_increment за вмъкнатия ред с функцията LAST_INSERT_ID :Така че можете да използвате

INSERT into SALARY (salary_figure, emp_id) values ("30000", LAST_INSERT_ID());

за втората ви операция INSERT.

Ако искате да добавите ред чрез задействане в трета таблица, като използвате новия sal_id и emp_id стойности, можете да направите това с тригер AFTER INSERT в Salary таблица, използваща новата стойност в колоната emp_id и последния вмъкнат auto_increment id ... с вече споменатата функция LAST_INSERT_ID().

CREATE TRIGGER salary_after_insert AFTER INSERT ON `SALARY` 
    FOR EACH ROW
    BEGIN
         INSERT INTO join_table (emp_id, sal_id) VALUES (NEW.emp_id, LAST_INSERT_ID());
    END;