Опитайте това...
INSERT INTO admin_rule_module VALUES (13, 2, 'allow')
ON DUPLICATE KEY UPDATE permission = 'allow', entity_id = 2;
Ако приемем, че имате УНИКАЛЕН КЛЮЧ ключ (rule_set_id, entity_id), поне. Ако искате да го направите с условен и множество оператори, трябва да го поставите в ПРОЦЕДУРА или ФУНКЦИЯ.