Това е правилно поведение. CI избягва кавички, преди да ги изпрати на MySQL. Вероятно трябва да използвате масив за филтъра и да конструирате нещо подобно (не е тествано;) )
$filter = array('a','b','c');
$sql = "SELECT t1.*, t2.*
FROM Table1 t1
INNER JOIN Table2 t2
ON t1.id = t2.id
AND t2.title IN (". implode(',', array_fill(0, count($filter), '?')).")
AND t1.type = ?
ORDER BY t1.id";
//edit: check if $filter is not an array ( when it is a single value string )
$filter = is_array( $filter ) ? $filter : array( $filter );
$q = $this->db->query( $sql, array_merge( $filter, array( $type ) ) );
Трябва също така да пренапишете малко заявката:
$sql = "SELECT t1.*, t2.*
FROM Table1 t1
INNER JOIN Table2 t2
ON t1.id = t2.id
WHERE
t2.title IN (". implode(',', array_fill(0, count($filter), '?')).")
AND t1.type = ?
ORDER BY t1.id";