Предотвратете презаписването на масив и вместо това създайте нов индекс на масив

Данните в масива се презаписват, защото присвоявате отново стойността на $key всеки път, когато се срещне.

Това, което искате да направите, е да създадете вторичен масив като $key стойност и бутнете възли в този масив по този начин ще получите очаквания резултат.

[
    'NM1' => ['...', '...'],
    'PR1' => ['...', '...']
]

Кодът ще бъде,

while (($row = fgetcsv($handle, 1000, ";", "\"", "\n")) !== FALSE) {
    $key = array_shift($row);
    // Notice the extra []
    $data[$key][] = $row;
}

Сега всеки ключ ще съдържа масив с възел за всеки срещнат ред.