Използването само на PHP би било доста неприятно, ще трябва да вземете всички записи от вашата mysql таблица, да създадете подходящите таблици в sqlite3 и да вмъкнете записите.
Доколкото мога да кажа, просто искате да го направите автоматично, така че не виждам вреда в използването на shell програми. Можете доста лесно да направите това с помощта на exec функция:http://nl3.php.net/manual/en/function .exec.php
