Единственото нещо, което мога да измисля, е да проверя какво наистина прави mysqld, използвайки strace, като потребител root:
strace -p 2959
Обикновено strace трябва да блокира незабавно и да ви покаже извикване за select(), защото mysqld трябва да чака връзки.
Обаждането трябва да бъде нещо като:
select(SOCKETNO, [OTHER_FDs], NULL, NULL, NULL)
особено важен е четвъртият параметър, който е период на изчакване. Ако е NULL, това означава, че mysqld ще спи, докато някой не се свърже. Ако не е NULL, това означава, че mysqld ще изчака определеното време и след това ще извърши известна работа по поддръжката. Много малък период от време може да обясни потреблението на процесора.
Вярвам, че MySQL винаги използва NULL (безкраен) таймаут. Има смисъл и така се държат mysqlds, до които мога да достигна сега.
Възможно е обаче да има някои проблеми с обработката на връзката, които пречат на избраното да заспи отново. Проверете дали това поведение се появява веднага щом mysqld стартира или след като някой се свърже.