Първо присвоете стойността, която четете, на променлива, след това работете върху тази променлива. За целта посочвате колоните на вашата целева таблица, но променлива вместо колоната, която искате да замените.
load data local infile 'C:/filepath.../All_Data.csv'
replace into table all_data
fields terminated by ','
enclosed by '"'
escaped by '"'
lines terminated by "\r\n"
ignore 1 rows
(column_1, column_2, @variable1, @variable2, column_5)
set
Avg_Daily_Visitors = replace(@variable1,"\N",0),
pageviews = replace(@variable2,"\N", 0)
;