Можете просто да използвате >
(по-голямо от) оператор за сравнение или !=
(не е равно) оператор за сравнение като така
WHERE `date_field` != '0000-00-00 00:00:00'
Примерът ще получи всички редове, където вашата дата не е равна на тази стойност.