След няколко дни намерих подобен въпрос на ServerFault:
MySQL репликация през SSH - Last_IO_Errno:2003 - грешка при свързване с главния
Оказа се SELinux трябваше да направя всичко с това! Като @Tek Jau обяснено, можете да се справите с това, като добавите този персонализиран порт чрез semanage :
sudo /usr/sbin/semanage port -a -t mysqld_port_t -p tcp 3305
Надявам се това да помогне на всеки, който се натъкне на подобен проблем.
