Можете да промените вашия for цикъл от
<?php
for($i=1;$i <= $page;$i++){
?>
<?php
if ($id>1)
{ ?>
<li class="active"><a href="?id=<?php echo $i ?>"><?php echo $i;?></a></li>
<?php }
?>
<!-- <li><a href="?id=<?php echo $i ?>"><?php echo $i;?></a></li> -->
<?php
}
?>
до:
<?php
for($i=1;$i <= $page;$i++){
$class=($i==$id)? ' class="active"' : '';
echo '<li'.$class.'><a href="?id='.$i.'">'.$i.'</a></li>';
}
?>
Ако съм разбрал кода ви правилно, $page представлява общия брой страници, а $id представлява текущата страница, това ще зададе текущия номер на страница като активен клас и ще остави другите страници без класа