Тъй като работите с Tomcat, предполагам, че най-добрият начин за достъп до базата данни е да напишете уеб услуга, която обработва комуникацията между приложението и сървъра.
Уеб услугата ще бъде написана на Java, за да работи на TomCat с помощта на JSP.
Предполагам, че се опитвате да комуникирате директно с базата данни MySQL (т.е. да изпълнявате директно SQL команди в базата данни), но не мисля, че можете да направите това (въпреки че никога не съм опитвал или разглеждал в нея), винаги съм бил под впечатлението, че имате нужда от някакъв код на сървъра, който да седи между тях.
