SQL изборът от две таблици връща дублирани стойности - Codeigniter

Това е нормално поради неявното присъединяване, което сте направили! Защо просто не поискате две заявки, по една за таблица, и след това да обедините резултатите в един масив?

public function getcentrelist()
{
    $this->load->database();
    $query_courses=  $this->db->query('SELECT course_name as name from tbl_training_courses');  
    $query_centers=  $this->db->query('SELECT centre_name as name from tbl_traning_centres'); 
    $courses = $query_courses->result();
    $centers = $query_centers->result();
    return array_merge($courses,$centers);
}

Обърнете внимание, моля, че преименувах полетата course_name и center name на унифицирано име:„име“, това е необходимо, за да имаме съгласувана обединена таблица.