При мен работи с тези настройки.
<add name="ProviderName"
type="SubSonic.MySqlInnoDBDataProvider, SubSonic"
connectionStringName="ConnectionString"
generateLazyLoads="true"
generatedNamespace="My.NameSpace"
generateRelatedTablesAsProperties="true"
tableBaseClass="ActiveRecord" />
Subsonic 2.2 и MySql 5.1.30. Трябва също да проверите дали и двете таблици са MyISAM.
И току що създадохте този външен ключ? Тогава е вероятно Subsonic да не забележи вашите промени, защото MySQL изглежда кешира схемата на таблицата. Вижте:http://code.google.com/p/subsonicproject /issues/detail?id=87