Анализирайте резултатите от mySQL заявка и масив от форми за if/else

Ако имате нужда тези данни да бъдат заредени в in_array , тогава трябва да е във формата на масив, не можете да използвате json низ.

$stmt = $dbh->prepare('SELECT DISTINCT cohort_id FROM table_cohorts'); 
$stmt->execute();
$cohort_ids = array();
while($row = $stmt->fetch(PDO::FETCH_ASSOC)) {
    $cohort_ids[] = $row['cohort_id'];
}

if(in_array($user_input, $cohort_ids)) {
    // do the rest
} else {
    // oops your input is not any of those
}