Ето решението,
по-долу е съдържанието на файла manifest.txt
Main-Class: filename
Class-Path: . mysql-connector-java-5.1.33-bin.jar
mysql-connector-java-5.1.33-bin.jar конекторът трябва да бъде в същата директория, така че jar файлът да го включва.
Този конектор може лесно да бъде изтеглен или може да бъде намерен в папка mysql под програмни файлове
След това от cmd трябва да се изпълни командата
jar -cvfm jarfilename.jar manifest.txt *.class
Нов jar файл ще бъде създаден въз основа на вашия клас файл и манифест, след което може лесно да се стартира с двойно щракване и сървърът ще реагира по същия начин като този на cmd режим.