Входът работи само за последния потребител в базата данни

Вие копирате цялата DB таблица в паметта на Java и извършвате сравнението за while обхождане на всички записи. Вие не прекъсвате while цикъл, когато има съвпадение със запис, така че продължава да цикли над останалите записи и така pagename се заменят с "старт" всеки път.

Трябва да добавите break изявление:

if (results.getString(2).equals(password) && results.getString(1).equals(username)) { 
    pagename="main";
    break;
}

Или, по-добре, оставете SQL да свърши работата, за която е създаден, избирайки и връщайки точно данните, от които се нуждаете:

preparedStatement = connection.prepareStatement("SELECT id FROM user WHERE username=? AND password=MD5(?)");
preparedStatement.setString(1, username);
preparedStatement.setString(2, password);
resultSet = preparedStatement.executeQuery();

if (resultSet.next()) {
    pagename = "main";
}
else {
    pagename = "start";
}

Това е по-ефективно и разумно.