$wpdb->insert създава дублиран запис '0-0' за ключ '1'

Що се отнася до това защо не работи:не задавайте трети параметър на $wpdb->insert към празен низ. Той форматира съответно всяко поле..

Това, което прави сега, е еквивалентно на:

$wpdb->insert($table, array(
            'object_id' => sprintf('', $num_object_id), 
            'term_taxonomy_id' => sprintf('', $num_taxo_id),
            'term_order' => sprintf('', 0)
));

Ако наистина искате да зададете трети параметър, трябва да направите:

$wpdb->insert($table, array(
            'object_id' => $num_object_id, 
            'term_taxonomy_id' => $num_taxo_id,
            'term_order' => 0
), array('%d', '%d', '%d'));

Що се отнася до грешката:таблицата wp_term_relationships има уникален първичен ключ на (object_id, term_taxonomy_id). Това означава, че не можете да имате два реда в тази таблица, които имат едновременно object_id и term_taxonomy_id.

Въпреки че това се е случило, защото като зададете трети параметър на вмъкване на празен низ, вие се опитвате да вмъкнете редове с object_id=0 и term_taxonomy_id=0 отново и отново.