Проблемът беше относно липсващия PK в моята релационна таблица TableA_TableB след добавяне на PK (TableAID,TableBID) проблемът беше решен. Освен това използването на uint на EF причинява проблем с единично записване (можете да записвате таблици една по една и след получаване на ID можете да създавате релации)