Всъщност открих, че се прави толкова лесно, тъй като променяте само драйвера, нищо не трябва да се променя.
Едно просто yum изтриване на php-mysqld и след това yum инсталиране на php-mysqlnd и рестартиране ще направи всичко и нямате нужда от архивиране или промяна на конфигурацията.