Според мен SQLite и Apache Derby (http://db.apache.org/derby/
) и двете са добри за такъв план. Преди няколко години направих такива неща с derby и все още върви. По това време току-що пакетирах папката, която съдържаше jre, програмата, библиотеките (jar's) и папката с данни на derby.
Доколкото си спомням:sqlite беше много лесен за използване, докато derby е по-сложна да уча.