Можете да опитате кода по-долу:
UPDATE tab1, tab2, tab3
SET tab1.a = '', tab2.b = '',tab3.c = ''
WHERE tab1.id = 3 AND tab2.id = 9 AND tab3.id = 5;
АКТУАЛИЗАЦИЯ:
Според споменатото от OP, кодът не работи за Mysql 5.5 , по-долу добавен код
UPDATE tab1 a
INNER JOIN tab2 b ON (a.id = b.id)
INNER JOIN tab3 c ON (a.id = c.id)
SET tab1.a = '', tab2.b = '', tab3.c = ''
WHERE a.id = 3 AND tab2.id = 9 AND tab3.id = 5;