multi=True
е изискване за MySql конектор. Не можете да зададете този флаг, като го предавате на методите на SQLAlchemy. Направете това:
conn = session.connection().connection
cursor = conn.cursor() # get mysql db-api cursor
cursor.execute(sql, multi=True)
Повече информация тук:http://www.mail-archive.com /[email protected]/msg30129.html