Ако имате подходящите разрешения, можете да го направите директно в MySQL с LOAD DATA INFILE
команда, вижте http://dev.mysql.com/ doc/refman/4.1/en/load-data.html
или mysqlimport
помощна програма, вижте http://dev.mysql.com/doc/ refman/4.1/en/mysqlimport.html
И двата метода ще ви позволят да посочите в кои колони да влизат данните, например:
LOAD DATA INFILE 'myfile.txt' INTO TABLE 'mytable' (col1, col2, col3, ...)
или
mysqlimport --columns='col1,col2,...' tablename.csv
Ако възнамерявате да го направите от PHP, трябва да можете да четете всеки ред от CSV файла и да изпълните подходяща SQL INSERT заявка с именуване на съответните колони (въпреки че това няма да е толкова ефективно, колкото да го правите директно в MySQL).
РЕДАКТИРАНЕ:Трябва да добавя, че не сте споменали какво сте опитвали досега или какво ви е трудно; ако сте заседнали в нещо конкретно, вместо просто да търсите предложения как да го направите, моля, актуализирайте въпроса, за да го кажете.