Първо спрете MySQL (и се уверете, че не се изпълняват MySQL процеси), премахнете файловете ib_logfile* от директорията с данни на mysql, след това стартирайте MySQL отново. След това ще пресъздаде тези файлове. Това са командите:
/etc/init.d/mysql stop
cd /var/lib/mysql/
mv ib_logfile0 ~/
mv ib_logfile1 ~/
/etc/init.d/mysql start
Горното премества регистрационните файлове в домашната папка на потребителя само в случай, че трябва да ги възстановим.