Mysql, изберете идентификатори, групирани по отделна колона (изберете всички идентификатори за всеки уникален домейн)

Можете да използвате GROUP_CONCAT :

SELECT GROUP_CONCAT(`id`), `domain` FROM `gsort_linkdata` GROUP BY `domain`

(Имайте предвид group_concat_max_len .)

Но тъй като няма начин да предадете масив от MySQL към PHP, трябва да разделите резултантния низ в PHP или JS, така че мисля, че настоящият ви метод е по-добрият. Вашият метод е безопасен и наистина е само едноредово в PHP, всичко друго (включително GROUP_CONCAT) е по-сложно.