Вторият не работи, защото използвате три заместителя вътре в низа на заявката и предоставяте само една променлива за интерполация.
updateIndexMySQLQuery = """UPDATE %s
SET numberID=%%s WHERE numberID=%%s;""" % (tableName,)
По този начин механизмът за форматиране на низове не очаква да предоставите 3 стойности, тъй като знаците за процент са "избягали" (срам за първата версия на отговора).
