Не съм експерт по MySQL, но използвам Tomcat JDBC с Oracle за известно време. Неактивните връзки остават тук, докато приложението не е изключено. Бих проверил регистрационните файлове за връзки в MySQL и бих разрешил влизането в Tomcat JDBC, за да видя кой наистина изключва връзките. И едното, и другото го прави.
