Конкатениране на полета от редове със същия идентификатор в MySQL

Трябва да добавите group by :

SELECT m.id, GROUP_CONCAT(distinct(g.loc)) 
FROM mutations m JOIN
    genes g
    ON m.id = g.id
GROUP BY m.id;

По пътя трябва да научите още няколко неща:

• Използвайте изрично join синтаксис. Просто правило:никога не използвайте запетаи в from клауза.
• Използвайте псевдоними на таблици (m и g ). Те правят заявката по-лесна за писане и четене.