Можете да сортирате по position, rand() така че да има произволен ред във всяка position дял. След това използвайте променлива, за да изброите записи на position дялове:
SELECT q_id, position, qtn, level, rn
FROM (
SELECT q_id, position, qtn, level,
@rn := IF(@pos = position, @rn + 1,
IF(@pos := position, 1, 1)) AS rn
FROM (
SELECT *
FROM tbl_question
WHERE level = '1'
ORDER BY position, rand() ) a
CROSS JOIN (SELECT @rn := 0, @pos := 0) AS vars ) b
WHERE b.rn <= 2
ORDER BY position
Външната заявка използва @rn за да изберете само два записа от всяка position дял.