Не отваряйте връзката към базата данни в главния. Не всички sqlalchemy адаптери го поддържат. Отворете връзката веднъж на работник или добавете lazy-apps =true към uWSGI, за да заредите цялото приложение на всеки разклон:http://uwsgi-docs.readthedocs.org/en/latest/ThingsToKnow.html