Току-що прекарах един час върху същия проблем; Вероятно сте допуснали същата печатна грешка като мен.
Проблемът за мен беше в .yml
дефиниция на схемата. В раздела, където дефинирах връзките между моите таблици, имах този целеви обект:
targetEntity: mlEmailNotif
вместо
targetEntity: MlEmailNotif
Така че малките букви 'm' карат доктрината да създава нов псевдоним за нова таблица (сравнението в php е чувствително към малките букви).