Как да попълните празна стойност, когато няма запис през този ден, като използвате MySQL group by

Можете да използвате трик, за да генерирате виртуална таблица с всички необходими дати с друга таблица (заменете aux с която и да е таблица във вашата DB с поне 31 записани):

SELECT CONVERT(@d := DATE_ADD(@d, INTERVAL 1 DAY), DATE) AS `d`
FROM
    `aux`,
    (SELECT @d := DATE_SUB(CONVERT(DATE_FORMAT(NOW(), '%Y-%m-01'), DATETIME), INTERVAL 1 DAY)) `x`
WHERE
    @d < DATE_SUB(NOW(), INTERVAL 1 DAY)
LIMIT
    31

И след това се присъединете към масата на него:

SELECT
    `aux`.`d` as `Date`,
    SUM(IFNULL(`Clicks`, 0))AS `Clicks`,
    DAY(LAST_DAY(NOW())) AS `Monthdays`
FROM (
    SELECT CONVERT(@d := DATE_ADD(@d, INTERVAL 1 DAY), DATE) AS `d`
    FROM
        `aux`,
        (SELECT @d := DATE_SUB(CONVERT(DATE_FORMAT(NOW(), '%Y-%m-01'), DATETIME), INTERVAL 1 DAY)) `x`
    WHERE
        @d < DATE_SUB(NOW(), INTERVAL 1 DAY)
    LIMIT
        31
) aux
LEFT JOIN
    myTbl
    ON `Date` = `aux`.`d`
GROUP BY `aux`.`d`