защо тази заявка връща ред с нулеви стойности

Документацията на MySQL казва

И ако нямате данни, той просто връща и двете стойности като NULL.

Ако искате втората заявка да върне и празния набор от резултати, тогава трябва да филтрирате стойностите NULL например с клауза HAVING, която можете да използвате с агрегатни функции:

SELECT DISTINCT u_id, MAX(timestamp) as time FROM my_table GROUP BY u_id HAVING time IS NOT NULL;