Посоченият ключ беше твърде дълъг; максималната дължина на ключа е 767 байта - ASPNet Identity MySQL

Сам намерих отговора.

Проблемът беше свързан с потребителското име и имейл в таблицата с потребители. И след това Името в таблицата с ролите.

Добавих максимална дължина и за трите в моя клас IdentityModel. Ето го:

    [DbConfigurationType(typeof(MySql.Data.Entity.MySqlEFConfiguration))]
    public class ApplicationDbContext : IdentityDbContext<ApplicationUser>
    {
        public ApplicationDbContext()
            : base("CaptureDBContext", throwIfV1Schema: false)
        {
        }

        public static ApplicationDbContext Create()
        {
            return new ApplicationDbContext();
        }
        protected override void OnModelCreating(DbModelBuilder modelBuilder)
        {
            base.OnModelCreating(modelBuilder);
            modelBuilder.Entity<ApplicationUser>().Property(u => u.UserName).HasMaxLength(255);
            modelBuilder.Entity<ApplicationUser>().Property(u => u.Email).HasMaxLength(255);
            modelBuilder.Entity<IdentityRole>().Property(r => r.Name).HasMaxLength(255);
        }
    }
}

О, и добавяне на DbConfigurationType да бъде MySQL решава проблема с таблицата с историята на миграцията (вече знаех това).

Нещастник музефан