Вярвам, че вторият е по-ефективен, тъй като изисква само един избор, но за да сте сигурни, трябва да ОБЯСНИ всяка заявка и да проверите резултатите.
EXPLAIN select tasks.*
from tasks
where
some criteria
and task.project_id not in (select id from project where project.is_template = 1);
EXPLAIN select tasks.*
from tasks, project
where
some criteria
and task.project_id = project.id and project.is_template <> 1;