Това е нормално в зависимост от спецификациите на вашия сървър. Начинът, по който MySQL създава индекси, е чрез таблицата и след това сортиране и добавяне на индексите. Това означава, че трябва да пренапише всички данни и след това да сортира всички данни (в никакъв случай не е евтино). Зависи от I/O производителността на вашия сървър и колко ram можете да му дадете.
Ето няколко ресурса за повече информация...
- Доклад за грешки в MySQL
- Още един доклад за грешка в MySQL – с добро предложение
- Нишка във форума с малко полезна информация