MySQL оптимизация на таблици за присъединяване с критерии за диапазон

chrom_only вероятно ще бъде лош избор на индекс за вашето присъединяване, тъй като имате само стойности на хром 22.

Ако съм интерпретирал това правилно, заявката би трябвало да е по-бърза, ако се използва start_end

SELECT `inVar`.chrom, `inVar`.pos, `openChrom_K562`.score
FROM `inVar`
LEFT JOIN `openChrom_K562`
USE INDEX (`start_end`)
ON (
`inVar`.chrom=`openChrom_K562`.chrom AND
`inVar`.pos BETWEEN `openChrom_K562`.chromStart AND `openChrom_K562`.chromEnd
)