След нощен сън намерих следното решение.
set @p = GeomFromText('POINT(23.923739342824817 38.224714465253733)');
select municipalID FROM ecovis.municipal_border
where ST_Contains(municipal_border.boundary, @p);
Работи за MySQL 5.6.1, където ST_ префикс функцията е внедрена. Въпреки че нямам никакви измервания от класически подход (рентгенов алгоритъм) смятам, че е доста бързо. Необходими са 0,17 секунди, за да се намери точка в 2700 полигона, като някои полигони имат доста повече от 1500 точки.