Ако приемем, че няма проблеми с цитирането на CSV:
$newStr = str_replace( ',', '<br>', $string );
РЕДАКТИРАНЕ:
След като видях вашето връщане назад, виждам, че всъщност искате да замените , с newline символ като \r , \n или \r\n :
$newStr = str_replace( ',', "\n", $string );