Предполагам, че използвате InnoDB (все пак трябва....)
Затова прочетете следната глава от MySQL 2ed с висока производителност, стр.117:http://books.google.com.hk/books?id=BL0NNoFPuAQC&lpg=PA117%20performance%20mysql&pg=PA117#v=onepage&q&f=false">http://books.google.com.hk/books?id=BL0NNoFPuAQC&lpg=PA117&lpg=PA117&ots207Cluster&ots207Chop%20dmb%207Cl&ots207Chd&ots207Cl. 20index%20high%20performance%20mysql&pg=PA117#v=onepage&q&f=false
Като цяло UUID е лош избор от гледна точка на производителността (поради клъстериран индекс) и те имат еталон, който да докаже това.