Няма да загубите данни. Това съобщение за грешка е специфично за вас, когато се опитвате да видите съдържанието на таблицата и избирате твърде много редове наведнъж. Броят на колоните в таблицата, умножен по броя на показаните редове, трябва да бъде под стойността, зададена за max_input_vars във вашия php.ini. По подразбиране това е настроено на 1000.
Когато работите с вашия конкретен код, не трябва да срещате тази грешка, ОСВЕН АКО не се опитате да направите същото - да покажете повече от 1000 "елемента" от върната заявка в даден момент. Наистина ли очаквате да направите това? Ако е така, тогава бъдете разумни относно пагинирането на данните си и използването на LIMIT във вашата SQL заявка.
Самите данни са безопасни. Единственото нещо, което е засегнато, е способността на PHP да извлича и извежда.