PDO е малко по-бавен от mysql_*, но има страхотна преносимост. PDO осигурява единен интерфейс в множество бази данни. Това означава, че можете да използвате множество DB, без да използвате mysql_query за mysql, mssql_query за MS sql и т.н. Просто използвайте нещо като $db->query("INSERT INTO...") винаги. Без значение какъв DB драйвер използвате.
Така че за по-голям или преносим проект PDO е за предпочитане. Дори zend framework използва PDO.
