Можете да използвате защитена връзка с MySQL:
Страна на MySQL:http://dev.mysql.com/ doc/refman/5.5/en/secure-connections.html
PHP страна:http://php.net/manual/en/mysqli. real-connect.php (флаг MYSQLI_CLIENT_SSL)
Не съм работил със SSL връзки към MySQL с PHP, но мисля, че не е трудно да намеря необходимата информация на http:// php.net , http://dev.mysql.com и http://google.com
Актуализиране
Това може да помогне:http://www.madirish.net/node/244 , PHP към MySQL SSL връзки , http://www.php.net/manual/en/ mysqli.ssl-set.php
