Решението в крайна сметка беше просто.
Експортиране от MySQL 5.5. (експортният файл е 114 GB)
Деинсталирайте MySQL 5.5 (премахнете всички файлове с данни)
Инсталирайте MySQL 5.6
Импортиране на данни
Експортиране от MySQL 5.6 (експортният файл вече е 13 GB)
Деинсталирайте MySQL 5.6 (премахнете всички файлове с данни)
Инсталирайте MySQL 5.6
Импортиране на данни