Изтрийте редове от mysql сървър от списък с идентификатор на C#

Вероятно бихте използвали IN клауза във вашия DELETE :

DELETE FROM `EmployeeTable` WHERE EmployeeID IN (2, 3, 4, 5, ...)

Това може да бъде реализирано с String.Join метод за генериране на списъка:

var query = "DELETE FROM `EmployeeTable` WHERE EmployeeID IN (" +
    String.Join(",", myArray) + ")";