Не можете да имате две бази данни, хоствани на един и същ TCP порт. Вместо това посочете портове за всяка база данни в списъка, разделен със запетая:
-instances=project:region:db=tcp:3306,project:region:db-2=tcp:3307
Използвах 3306 и 3307 тук, но можете да използвате всякакви портове, които искате! Уверете се, че останалата част от вашата конфигурация на Container Engine позволява комуникация между възли на тези портове (може би това е вярно по подразбиране, аз не използвам GKE).
Повечето драйвери на mysql се свързват към порт 3306 по подразбиране, но имат начин да посочат друг порт. Ще трябва да уредите вашият код да се свърже с различния порт, който изберете за втората база данни.
